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Il mourut le 22 mars 1418, et fut enterré à l’église Saint-Jacques-la-Boucherie où sa pierre tombale fut installée sur un pilier au-dessous d'une image de la Vierge. L’église fut détruite à la fin de la période révolutionnaire, vers 1797. La pierre tombale fut cependant conservée, et rachetée par un antiquaire à une marchande de fruits et légumes de la rue Saint-Jacques-la-Boucherie, qui l’utilisait comme étal pour ses épinards. Rachetée en 1839 par l'hôtel de ville de Paris, elle se trouve actuellement au musée de Cluny: « Feu Nicolas Flamel, jadis écrivain, a laissé par son testament à l'œuvre de cette église certaines rentes et maisons, qu'il avait fait acquises et achetées à son vivant, pour faire certain service divin et distributions d'argent chaque an par aumônes touchant les Quinze Vingt, l'Hôtel Dieu et autres églises et hospitaux de Paris. Soit prié ici pour les trépassést. » Ses ossements, ainsi que ceux de son épouse Pernelle inhumée avec lui, sont alors transférés aux catacombes de Paris. Parmi les dépouilles qui ont rejoint les catacombes, se trouvent les restes de plusieurs personnages qui ont marqué l’Histoire de France à travers les siècles, du Moyen-Âge à la Révolution. Lors d’une visite de l’ossuaire, vous croiserez ainsi Nicolas Flamel et sa femme Pernelle, Racine, Blaise Pascal, Montesquieu, Nicolas Fouquet, Colbert, l’Homme au masque de fer, Charles et Claude Perrault, Marat, de Charlotte Corday, Robespierre ou encore Danton |
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